Eu já tive isso no passado e encontrei uma solução que funciona para mim.
O comando sync
garantirá que tudo seja gravado em todos os discos conectados.
Você não deve precisar de sudo sync
para isso, a menos que o disco tenha alguns arquivos de log de propriedade do root, por exemplo, que também precisem ser escritos.
Se o comando de sincronização terminar sem erros, é seguro remover a unidade.