Você está certo
Quando um usuário recorta e cola arquivos usando o Windows Explorer, o que está armazenado na área de transferência não é o conteúdo real do arquivo, mas sim os locais dos arquivos. Quando você inicia uma pasta, o SO é inteligente o suficiente para iniciar um movimento ou, mais precisamente, o Windows copia um arquivo e exclui o arquivo original (em uma rede, unidades locais são movidas atualizando o ponteiro se ele estiver na mesma unidade ).
Não sei muito bem quais foram as outras etapas intermediárias, mas, do ponto de vista da rede e do administrador do sistema, NUNCA recortamos e colamos de uma unidade de rede para outra. Iremos copiar e, depois de verificar se os arquivos foram movidos com segurança, excluiremos o original. Má prática para recortar e colar.
Espero que você encontre esses arquivos ausentes, execute um programa de recuperação de arquivos no servidor - ele ainda pode estar lá.