Configure o eCryptFS, o encfs ou um sistema de arquivos de criptografia semelhante. Monte-o em ~/Private
ou similar. Mova seu ~/.irssi
para o diretório privado e crie um link simbólico para o local antigo.
ecryptfs-setup-private
ecryptfs-mount-private
mkdir ~/Private/config
mv ~/.irssi ~/Private/config/irssi
ln -s "Private/config/irssi" ~/.irssi
eCryptFS é recomendado; é in-kernel e dá um desempenho razoavelmente bom. Mas há outras opções também, como o EncFS.