É por isso que você faz backups regulares de imagens. ;)
De qualquer forma, alterar apenas a placa-mãe não deve causar problemas ao software instalado, desde que você possa inicializar a instalação existente do Windows.
Se você obtiver uma placa semelhante, com um controlador de unidade semelhante, provavelmente inicializará sem muita complicação.
Em relação ao seu software instalado, que se preocupa com a nova placa, ela não deve - a única exceção a isso é se algum software usar as informações da placa-mãe BIOB (número de série, etc.) como uma trava de proteção contra cópia . Felizmente, esses são raros.
Mesmo que não vá preservar todo o seu software, você provavelmente deve obter a nova placa-mãe de qualquer maneira, a menos que você não queira mais um computador. :)