O i386 é usado para geração de CPU extremamente antiga antes do Pentium.
i686 é a geração pós-Pentium.
Ninguém hoje tem i386, eles têm pelo menos 15 anos de idade.
Dito isso, o i386 marca uma compilação de 'compatibilidade' e deve funcionar em QUALQUER CPU x86 de 32 bits. O i686 pode ou não usar MMX, SSE e mais extensões.