Você poderia usar outro programa em vez do utilitário interno do Windows. Eu uso o GFI Backup Home Edition ( link ) - é uma versão gratuita que funciona muito bem e vamos excluir um diretório dentro de um diretório que você deseja fazer o backup. Ele tem um bom número de opções disponíveis e faz o backup como uma cópia (para que você ainda possa navegar pelo backup) ou como um zip.