A maneira mais fácil seria exportar manualmente seus favoritos com o Organizador de Marcadores integrado ( Ctrl + Shift + B ). Dessa forma, você estará seguro se a sincronização der errado.
Acho que a sincronização do FireFox pode ter excluído todos os meus favoritos. Instalei-o em um novo computador e selecionei a opção "Substituir todos os dados neste computador por meus dados de sincronização". No entanto, nenhum marcador apareceu, deixando-me imaginando se ele fez o oposto e apagou meus favoritos no servidor.
Atualmente, presumo que meus favoritos ainda estejam armazenados em meus outros computadores. Existe uma maneira de fazer um backup antes que o Google Sync os exclua também?
Percebi que uma mensagem sobre a sincronização inicial levou até 24 horas para ser concluída quando eu instalei pela primeira vez.
Verifique no seu diretório de perfil os backups do arquivo de favoritos. Geralmente há pelo menos um.
Você não é louco. Isso só aconteceu com meu chefe ao migrar os marcadores para uma nova máquina.
Eles todos sincronizaram com sua nova máquina muito bem e depois desapareceram na manhã seguinte de ambas as máquinas.
O que funcionou para consertar isso para mim foi restaurar do backup do dia anterior. Basta clicar na opção Restore como mostrado na resposta do @Nifle e escolher o dia anterior - ou no dia anterior, se isso não funcionar.