Existem algumas coisas que você pode experimentar:
1) Você pode tentar este comando / opt / google / chrome / google-chrome --no-startup-window
2) Há uma opção nas preferências do Chrome para fazer isso. No menu de ferramentas, na seção de capas, há a caixa de seleção "Aplicativos de segundo plano, Continuar executando aplicativos de segundo plano quando o Google Chrome está fechado".
3) Você pode tentar usar Devilspie para ajudar com este comando sudo apt-get instalar devilspie e você pode obter mais informações aqui link