seu arquivo está sendo mantido por um processo, você não pode excluí-lo.
use lsof file.log
para saber qual processo está escrevendo para ele.
então
mv file.log old.file.log
reinicie o processo. (isso depende do processo).
em seguida, você poderá excluir old.file.log
.
Se o seu ID de arquivo listado em /etc/logrotate.d/*
, você pode emitir um comando logrotate.