Para fazer isso, você precisa usar a instrução condicional dentro do bloco de ações {}
.
A sintaxe é if ( expr ) statement
Para corresponder à condição em que a quarta coluna é ms
e reatribuir o valor da terceira coluna quando a condição for correspondida:
if ($4 == "ms") $3=$3+1
e imprima a linha inteira usando print $0
O comando completo é assim:
awk '{ if ($4 == "ms") $3=$3+1; print $0 }'