A falta de controles de proxy embutidos tem sido uma das reclamações do Chrome e do Chromium, e é por isso que eu ainda confio no bom e velho Firefox para esse tipo de coisa. Os desenvolvedores simplesmente decidiram deixá-lo para o sistema operacional para lidar com o proxy, que meio que cria um problema quando você quer rodar um proxy para o BitTorrent, cujos desenvolvedores de visão curta também chegaram às mesmas conclusões sem brilho. Esta é uma área em que o Firefox ainda é claramente superior.
No entanto, a plataforma Chromium expõe uma API do Google Chrome Proxy para extensões, o que permite que os desenvolvedores de extensões criem extensões incríveis do Google Chrome que solucionem esse problema. Fora dos que eu vejo na Chrome Web Store, Proxy SwitchySharp se destaca porque a descrição diz que usa a API em vez de modificar as configurações do sistema.
Isso significa que, com essa extensão instalada, você pode definir quais sites passam por um proxy e quais não, e ao mesmo tempo limitar o proxy a afetar essa única instância do navegador Chrome / Chromium.
Como um complemento, para o desenvolvedor que deseja saber mais sobre a API, consulte Extensões do Google Chrome - chrome.proxy