Eu tive exatamente o mesmo problema que você descreve.
Semelhante ao que o DaveRook já disse, você deve ter certeza de que o Windows está emitindo áudio para os fones de ouvido como padrão. No windwos 8 (não sei se no win 7 é o mesmo), clique com o botão direito do mouse no ícone do alto-falante na área do ícone da bandeja (ao lado do relógio), e selecione "dispositivos de reprodução" [nota: não tenho certeza do texto exato, porque meu sistema operacional está em espanhol.], então, na caixa de diálogo, selecione os fones de ouvido que você deseja usar, clique com o botão direito e escolha "definir como dispositivo de comunicação padrão".
você só precisa alterar a configuração no Skype para usar a saída de áudio padrão em vez dos alto-falantes. Vá para as opções de skype, configurações de áudio, saída de áudio e escolha o mesmo nome de dispositivo escolhido na etapa anterior. Você pode experimentá-lo dentro dessa caixa de diálogo de opções com o pequeno ícone verde "play" para ver se o Skype agora usará os fones de ouvido que você quiser.
Se não funcionar primeiro, experimente todos os dispositivos de áudio listados, pois os nomes não são muito intuitivos e ajuste-os como padrão, nas configurações de áudio do Windows, bem como nas configurações do Skype. . isso deveria funcionar.