Parece que os problemas do cliente Minecraft buscam um registro SRV ao se conectar e usam as informações lá? Interessante.
Basicamente, você precisará de um registro A no DNS apontando para o seu servidor. Você provavelmente já tem dois destes.
E, em seguida, dois CNAME registram a nomeação de sua primeira e segunda instância. O CNAME precisa apontar para o nome no registro A acima. Seus CNAMEs precisam terminar no mesmo domínio que o respectivo servidor, acredito.
E, em seguida, dois SRV registram, de acordo com este formato:
_minecraft._tcp.cname.domain.tdl. outside_port IN SRV 10 5 internal_port a_record.domain.tdl.
Você substitui cname acima pelo CNAME escolhido e substitui as portas no texto acima de acordo.
Tudo isso precisa ser feito no servidor DNS do seu provedor ou através de seu utilitário de configuração. Nunca configurei um registro SRV antes em um DNS publicamente acessível, mas é o que eu tiro depois de ler as postagens do fórum que você forneceu.