Você pode exportar PDFs do InDesign com as fontes incorporadas, mas supondo que você tenha as fontes em seu computador e possa direcionar o programa para esses arquivos de fontes. Eu imagino que o Acrobat Pro também suporta isso. Não tenho certeza sobre a edição das fontes em um arquivo PDF que já foi gerado, mas se houver alguma ferramenta que permita fazer isso, provavelmente é o Acrobat Pro (não confundir com o Acrobat Reader).