No modo de suspensão total, não há uma maneira de evitar isso, exatamente pelo motivo que você listou.
Sua melhor aposta é fazer um perfil de energia para desligar os monitores após um determinado período de tempo. Quase todos os outros componentes da máquina precisam ficar ligados para manter o download, exceto para unidades ópticas e tal. A PSU tem que manter as unidades girando, enquanto elas se comunicam com a placa-mãe (que pode ou não ter sua Ethernet integrada, mas ainda assim deve permanecer), que se comunica com sua memória que contém um buffer contendo o programa fazendo o download .
Se o consumo de energia for um grande problema, você pode comprar ( ou criar ) um pequeno dispositivo NAS e carregar FreeNAS nele. Você pode usar ferramentas como wget para baixar arquivos para este dispositivo de armazenamento enquanto consome muito pouco poder.