Eu recomendaria três opções, dependendo de como é importante usar a fonte não modificada e suas razões para fazê-lo.
1) LFS - abreviação de Linux From Scratch, essa não distribuição ajuda você a criar tudo a partir de fontes originais, garantindo o cumprimento rigoroso de suas necessidades. A desvantagem é que a manutenção é uma tarefa formidável, já que não há ninguém testando e aplicando patches para sua configuração - você é o único usuário!
2) Gentoo - provavelmente sua melhor aposta. Você pode escolher sua aventura, dando a você a habilidade de fazer um estágio 3 (instalando a partir de um ambiente bootstrap, e construindo seu sistema a partir daí), ou um estágio 1 (muito mais parecido com o LFS) mas com alguém testando e aplicando patches. Os pacotes estão perto do mainstream.
3) O Arch também está bem perto do mainstream, mas um pouco menos do que o Gentoo. Fontes de ponta sangrada estão disponíveis com pacotes config / build do repositório da comunidade.
Essas são realmente suas opções se você não quiser obter um grau de especialização em sistemas operacionais e gastar sua vida compilando.