Use o comando tee :
nc -l -p 5001 | tee file_containing_the_video.mp4 | mplayer -fps 31 -cache 1024 -
se o formato que você está recebendo for mp4. Altere conforme necessário. De a página Man :
tee - read from standard input and write to standard output **and** files
(ênfase minha). Isso significa que tee envia simultaneamente sua entrada para a saída padrão (da qual nós enviamos para mplayer ), e para um arquivo, onde você a armazena.