Encontrei a resposta eu mesmo. Parece que o Mercurial combina de forma inteligente entradas em [auth] com entradas em path . Nesse caso, um hgrc correto seria:
[paths]
default = https://myproject.googlecode.com/hg
[auth]
myproject.prefix = myproject.googlecode.com/hg
myproject.username = my.username
myproject.password = ******
myproject.schemes = https