É porque, se o arquivo existir, o bash usa suas configurações locais para as configurações readline, em vez do padrão.
Em link
"When a program which uses the Readline library starts up, the init file is read, and the key bindings are set."
A recomendação no arquivo de amostra em gnu.org é a fonte do padrão em seu local com uma linha como esta:
$include /etc/inputrc
e depois modificar a partir daí.