Até onde eu experimentei, você não pode impedir que arquivos .directory específicos sejam criados - a menos que você ajuste algumas opções para todo o seu perfil do KDE. .directory-files armazenam opções específicas para cada pasta. Se você fizer o dolphin usar as mesmas configurações de visualização para todas as pastas, poderá evitar que muitos desses arquivos sejam criados em primeiro lugar. Eu também sugiro desativar todos os tipos de visualizações de arquivos dentro do golfinho.
Se o compilador pode manipular arquivos vazios, que tal simplesmente criar um arquivo .directory vazio e revogar privilégios de gravação?
touch .directory; chmod 444 .directory