Além de executar o chkdsk, você pode executar a ferramenta Verificador de arquivos do sistema da Microsoft. Eu postei um exceto pela descrição da Microsoft, mas a fonte completa pode ser encontrada no link
Se um arquivo de proteção de recursos do Windows (WRP) estiver faltando ou está corrompido, o Windows pode não se comportar conforme o esperado. Por exemplo, algumas funções do Windows podem não funcionar ou o Windows pode falhar. A ferramenta Verificador de arquivos do sistema (SFC.exe) verifica arquivos de sistema ausentes ou corrompidos e os repara.