O que eu faço é usar uma unidade USB externa. Eu escrevi um arquivo em lotes que usa o robocopy para espelhar os subdiretórios selecionados. Note que ele não faz backups incrementais, apenas espelha os subdiretórios. Eu tenho duas partições na unidade NTFS (para minhas máquinas windows) e ext2 (para o meu servidor Linux). Depois de fazer o backup dos meus sistemas, eu armazeno a unidade em um cofre à prova de fogo.
Você pode obter apenas dois discos externos. Um para ficar em casa e outro para levar para o trabalho.
Se você estiver interessado, me avise e postarei o arquivo em lote que utilizo para espelhar meus diretórios.