Existe uma página decente no site da Microsoft explicando os prós e contras.
Basicamente, há uma penalidade de desempenho, portanto, não a use em arquivos e pastas acessados com frequência. Um pequeno atraso incorrido com pouca frequência provavelmente é aceitável para a maioria das pessoas.
Suponho que, se você estiver desesperado por espaço em disco, talvez esteja disposto a aceitar o desempenho e usá-lo para materiais usados com mais frequência.
O acerto de desempenho real dependerá muito da sua máquina, se você estiver com pouco espaço tente, caso contrário eu não me incomodaria.