Se você for um usuário do Windows, poderá usar o Agendador de Tarefas do Windows para executar este comando:
"c:\Program Files\Skype\Phone\Skype.exe" /callto:+nnnnnnnn
nnnnnnnn
é o seu código de país / código de área / número de telefone
Na primeira vez que você solicita confirmação, você pode marcar a caixa "Não perguntar novamente".
Funciona independentemente de o Skype estar em execução.