Se você estiver usando o Windows 2008 como seu controlador de domínio, poderá usar Group Policy Preferences->Registry para modificar o registro via GP.
Caso contrário, você provavelmente terá que escrever um script de inicialização ou de logon (dependendo de qual (is) chave (s) no registro que você precisa modificar) que aplica a correção (procure em reg.exe para modificar o registro de scripts de lote de comando) e inclua esse script em um GPO aplicado aos sistemas ou usuários em questão.