Você pode "ocultar" uma partição do gerenciador de inicialização excluindo sua linha no boot.ini.
Você pode ocultar uma partição do Windows removendo a letra da unidade. No XP você vai ao Painel de Controle - > Ferramentas Administrativas - > Gerenciamento de computadores - > Gerenciamento de disco, clique com o botão direito do mouse na partição e selecione Alterar letra de unidade e caminhos. Em seguida, clique em Remover.
Essa parece ser uma opção mais segura do que mexer no ID da partição, conforme sugerido no artigo que Matthew vinculou. Observe que qualquer método para ocultá-lo provavelmente tornará impossível o uso para backup:)