Isso tem a ver com o alinhamento da partição. Essencialmente, sob o capô, seu disco rígido é dividido em setores. Sempre que o disco rígido realiza uma operação, ele atua em todo o setor de uma só vez; isto é, quando lê qualquer dado armazenado dentro de um setor, deve ler todo o setor. Se os dados forem divididos em vários setores, ele deverá ler a totalidade de cada um desses setores. O sistema de arquivos que entra em uma partição também aloca o espaço disponível em blocos (cujo tamanho geralmente é um parâmetro ajustável na criação do sistema de arquivos; para um FS que consistirá principalmente de arquivos pequenos que você usaria um tamanho de bloco pequeno) grande você usaria um grande tamanho de bloco, com o objetivo de minimizar o desperdício de espaço - se um arquivo é menor que o tamanho do bloco, o resto do bloco é desperdiçado, mas quanto menor o tamanho do bloco, maiores serão as tabelas blocos devem ser).
Agora, essencialmente, você precisa que seus blocos de sistema de arquivos e setores de disco fiquem alinhados - um deve caber no outro sem resto, e crucialmente eles devem começar no mesmo local, portanto não há sobreposição fracionária. Digamos que você tenha um disco com tamanho de setor de 4kb e seu sistema de arquivos esteja em blocos de 1kb. Se sua partição começa com um pequeno deslocamento desde o início de um setor - mesmo que seja apenas alguns bytes - cada quarto bloco do seu sistema de arquivos será dividido em dois setores, então você deve ler / gravar ambos os setores no disco sempre que interagir com esse bloco. Isso representa uma sobrecarga de 25%, o que pode resultar em uma redução considerável no desempenho. Se o tamanho do bloco de alocação do FS for o mesmo que o tamanho do setor de HD (4k não seria razoável para ambos) e você tiver esse deslocamento, cada leitura / gravação teria esse problema, o que seria um grande impacto no desempenho.
Para evitar isso, alinhamos de maneira conservadora o início das partições com limites de megabytes (como um megabyte ainda deve ser um bom múltiplo do tamanho de bloco / setor mesmo vários anos abaixo com qualquer unidade massiva que tenhamos na época). Isso pode resultar em pequenas "lacunas" no disco, se os tamanhos das partições também não corresponderem exatamente e terminarem exatamente em um limite de megabytes. Há sempre uma lacuna deixada no início do disco, porque os primeiros setores no disco são reservados para outras finalidades.
link descreve o problema em detalhes mais específicos. No entanto, como salientado, o espaço perdido em comparação com o tamanho de um disco moderno é bastante trivial.