Normalmente, sim, você pode, já que o sistema de arquivos de criptografia está se apresentando como um sistema de arquivos tradicional para o Windows e aplicativos inconscientes.
A questão maior é o que você planeja obter com a desfragmentação, já que ela foi concebida quando os sistemas eram mais antigos e volumes mais lentos e fragmentados poderiam afetar o desempenho do sistema.
Se você está se esforçando para maximizar o desempenho de seus sistemas, a desfragmentação é a parte inferior da lista até o retorno do investimento.