Sim, observe que /usr/src/linux-headers
.... não é o cabeçalho do kernel que o vmware-config-tools está procurando, o caminho real é /lib/modules/$(uname -r)/build/include
.
No entanto, é melhor que a ferramenta encontre o caminho em si, por isso recomendo:
reinicie o seu Ubuntu e execute todos eles no modo sudo:
apt-get purge linux-headers-... (all versions you have installed already )
apt-get install --reinstall build-essential binutils
apt-get install --reinstall linux-headers-$(uname -r)
execute novamente /usr/bin/vmware-config-tools.pl
e esperamos que encontre o caminho desta vez.