O que sua placa-mãe usa é uma "ponte PCIe-PCI". Pense nisso como a versão de alto desempenho de um adaptador de impressora USB-Paralelo. Ele fala o idioma mais novo de um lado, traduzindo-o para o idioma mais antigo do outro.
Muitas placas PCIe carregam uma dessas pessoas a bordo. Eles consistem em um chip baseado em PCI e uma ponte para conectá-los ao novo barramento.
Longa história curta: Funciona de maneira confiável e, para qualquer dispositivo que encontre largura de banda suficiente em um slot PCI, não haverá problemas.