Gnome-shell mais recente (~ 3.10 +):
desativar:
gsettings set org.gnome.desktop.notifications show-banners false
ativar:
gsettings set org.gnome.desktop.notifications show-banners true
Você pode precisar ativar / desativar notificações também por aplicativo, por exemplo, para desativar as notificações do Nautilus:
gsettings set org.gnome.desktop.notifications.application:/org/gnome/desktop/notifications/application/org-gnome-nautilus/ enable false
e reativá-los:
gsettings set org.gnome.desktop.notifications.application:/org/gnome/desktop/notifications/application/org-gnome-nautilus/ enable true
Old gnome-shell (< 3.8 ou 3.10):
desativar:
gsettings set org.gnome.desktop.notifications enable false
ativar:
gsettings set org.gnome.desktop.notifications enable true