Na ausência de dados específicos sobre o uso do seu sistema específico, o esquema de particionamento ideal a adotar seria uma única partição. Para obter o melhor desempenho, faça a partição na borda externa do disco, torne-a maior que o necessário para os arquivos e deixe o restante do disco sem uso.
Se você fizer várias partições, correrá o risco de diminuir o desempenho, já que o disco é forçado a fazer movimentos de cabeças entre grupos de arquivos no início de cada partição e a manter vários metadados do sistema de arquivos.
Em teoria, você pode otimizar o posicionamento de arquivos acessados com frequência, mas o particionamento é uma maneira extremamente simples de conseguir isso, e se feito sem uma cuidadosa coleta de estatísticas, provavelmente não conseguirá um benefício. Por exemplo, no meu PC, suspeito que os arquivos mais usados são o registro e o diretório de cache do Chrome. Acho que construir um esquema de particionamento em torno disso pode ser difícil, os arquivos mais usados podem estar espalhados em pastas diferentes.
Atualizar
Como MSalters comentou, Designers de sistemas de arquivos como NTFS, EXT4, etc, fazem esforços consideráveis para otimizar seu desempenho. Embora, é claro, também valorizem a confiabilidade e a resiliência, o que significa fazer concessões que afetam o desempenho.
Opinião: Tal como acontece com tantas coisas, é frequentemente contra-produtivo para os utilizadores finais tentar adivinhar as decisões tomadas pelos programadores do sistema operativo. Para a maioria de nós, pode ser melhor configurar sistemas da maneira que acreditamos que os projetistas de sistemas operacionais esperam que a maioria das pessoas faça. Em outras palavras, configure as coisas da maneira mais simples e direta, aceite a maioria dos padrões sugeridos pelo instalador do sistema operacional. Somente se seu caso de uso for muito incomum e o desempenho crítico pode valer a pena ajustar a instalação manualmente. Por exemplo, se me pedissem para construir um cluster comercial de servidores Oracle DBMS dedicados, em vez de me preocupar com sistemas de arquivos brutos e cozidos, provavelmente usaria a distribuição Linux da Oracle e esperaria que fizesse a coisa certa. Se dinheiro sério estivesse envolvido, eu pagaria a um consultor da Oracle para ter certeza de que as opções corretas de configuração estavam selecionadas. Para o PC desktop médio, isso deve ser completamente desnecessário.