Primeiro de tudo, como você tem trabalhado com o Windows, Você tem que entender que o Ubuntu tem uma maneira totalmente diferente de instalar aplicativos. Ok, talvez não tão totalmente, mas explicarei depois. Também as aplicações são muitas vezes diferentes.
Aqui usamos principalmente repositórios sobre os quais Você pode ler aqui: link . Geralmente, é o 'local de armazenamento' do qual os arquivos são baixados e instalados automaticamente. Eles também são usados para manter os aplicativos instalados atualizados.
Honestamente para mim, desta forma é muito mais confortável do que no Windows. Aqui Você só precisa digitar um comando ou abrir o aplicativo Ubuntu Software Center (talvez no futuro o Synaptic), encontrar o aplicativo desejado, clicar em 'instalar', digitar sua senha e ... isso é tudo o que você precisa fazer. Além disso, também verifica automaticamente se há uma versão mais recente do aplicativo e pede permissão para atualizá-lo.
Quando algum aplicativo não está disponível em Seu conjunto atual de repositórios Você acabou de adicionar um novo à lista. Não se preocupe agora - a maioria dos aplicativos típicos estão em repositórios padrão.
Para ser honesto, ao instalar o aplicativo a partir do repositório, ele apenas faz o download automático do arquivo .deb correto e o instala. Isso significa que você sempre pode baixar manualmente o arquivo .deb que deseja e instalá-lo.
Ok, agora respondendo sua pergunta real.
Você pode instalar o Wine abrindo 'Ubuntu Software Center' do Dash, encontrando este aplicativo, clicando em instalar e digitar sua senha. Essa é apenas uma maneira de lidar com isso, mas eu acho que é o mais fácil.
De qualquer forma, a coisa é que você provavelmente não precisa realmente de vinho agora. Basta digitar 'filezilla', 'gerenciador de downloads' e qualquer coisa que você queira no Ubuntu Software Center. Pode haver algum problema com o Adobe Air, mas acredito que, se você pesquisar sobre isso, você encontrará soluções ou alternativas.
Espero que ajude. :)