Contanto que um diretório seja marcado como comprimido, qualquer novo arquivo / diretório copiado nele também será compactado. Tudo o que você precisa agora é compactar os arquivos restantes, executando:
compact /c /s G: /i /q *.*
/c é para compactar, /s é para compactar todos os subdiretórios, substituir G: pela letra da unidade, /i é para ignorar arquivos que estão sendo usados ou não podem ser compactados, /q is para reduzir a quantidade de informações relatadas (abrandar) e *.* é para escolher todos os arquivos.