Contanto que um diretório seja marcado como comprimido, qualquer novo arquivo / diretório copiado nele também será compactado. Tudo o que você precisa agora é compactar os arquivos restantes, executando:
compact /c /s G: /i /q *.*
/c
é para compactar, /s
é para compactar todos os subdiretórios, substituir G:
pela letra da unidade, /i
é para ignorar arquivos que estão sendo usados ou não podem ser compactados, /q
is para reduzir a quantidade de informações relatadas (abrandar) e *.*
é para escolher todos os arquivos.