Tente fazer um disco de reparo e reparar as permissões no Utilitário de Disco, só para ter certeza.
Além disso, observe o fluxo de logs Todas as Mensagens no utilitário Console e, em seguida, execute Atualizações de Software e veja se alguma das mensagens de log fornece uma pista do que está acontecendo.
Veja também o log do Instalador.
Tente executar sudo softwareupdate -ia
do Terminal e ver o que a saída diz.
Se essas coisas fornecerem pistas, mas você ainda não conseguir resolvê-las, atualize sua pergunta com os registros / saídas relevantes.