Está perfeitamente bem.
Quando você faz login, seu PATH é construído a partir de várias fontes diferentes. Alguns são de todo o sistema, outros são específicos do usuário: o arquivo .profile
na sua pasta pessoal, por exemplo, é uma maneira comum de adicionar caminhos ao seu PATH apenas para sua conta.
Você pode ver que os caminhos de /etc/paths
ainda estão lá, no meio do seu PATH, mas algumas coisas foram adicionadas. /usr/local/MacGPG2/bin
por exemplo foi adicionado pelo macGPG2 quando você o instalou.