O VirtualBox tem uma caixa de seleção chamada "Auto Capture Keyboard" (> Arquivo > Preferências > Entrada). Desligue-o.
É possível dizer a um aplicativo do Windows7 para não aparecer na lista alt-tab? Eu geralmente executo uma máquina virtual do VirtualBox, e se eu não prestar atenção (acontece com freqüência, suspiro), eu irei mudar para a VM sem querer. A próxima imprensa de alt-tab acontecerá dentro da VM, o que obviamente não é o que eu quero. Eu gostaria de dizer ao VirtualBox para não aparecer na lista alt-tab.
Isso pode fazer o truque para você. Tem uma lista de exclusão.