O motivo é que o disco dinâmico armazena todos os dados, mesmo os dados que eram apenas temporários e agora desvinculados. O executável do VBoxManage tem um comando, modifyvhd, que pode realizar a compactação das imagens do disco rígido:
VBoxManage modifyhd Ubuntu.vhd --compact
Isso deve fazer com que você volte para perto do tamanho do arquivo de 15 GB e pode até mesmo dar um pequeno aumento no desempenho (menos dados para ler / pesquisar). Se você realmente deseja otimizar o disco, você pode começar escrevendo zero no espaço livre e compactando. Isso forçará o sistema de arquivos a liberar qualquer bloco que ainda possa ser mantido.
cat /dev/zero > zero ; sync ; rm zero
Referência adicional: link - veja a seção modifyvhd, especificamente a opção --compact
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