Existem duas maneiras pelas quais o Virtualbox pode "congelar". Uma é que o sistema operacional convidado (ou seja, o Ubuntu) ou o código da VM no modo kernel não está sendo agendado ou está bloqueado. Não há muito o que fazer neste caso.
Se a GUI está congelando (acontece com bastante frequência se devido ao driver de exibição ou outros bugs), você pode acessar seu sistema operacional convidado através de SSH ou VRDP . Claro que você deve ter essas configurações antes do congelamento.
Se não, você pode tentar a sua sorte com o comando vboxmanage controlvm . Use a função savestate para armazenar o estado atual do sistema operacional em disco e, em seguida, você pode fechar o VBox com falha e abri-lo novamente.