Um bookmarklet é seu amigo ...
Crie um novo marcador de navegador e copie o código javascript abaixo nele - quando você quiser copiar algum texto da wikipedia, basta clicar nele antes e remover todas as instâncias de [n] para cumpra sua exigência na pergunta.
javascript:function a (){document.body.innerHTML=document.body.innerHTML.replace(/<sup\b[^>]*>(.*?)<\/sup>/gi, "" );return;}; a();
Por trás das cenas, é apenas fazer uma pesquisa de expressão regular e substituir todas as tags HTML <sup>...</sup>
na página.
Eu apenas tentei isso no IE7 e ele funciona bem, então espero que esteja ok em outros navegadores também.
Eu credito este thread SO com me apontando na direção certa - eu sabia que um bookmarklet era o caminho a percorrer, mas nunca tinha escrito um antes.