Eu tive o mesmo problema ao executar o cygwin no Windows. Para mim, não tinha nada a ver com o caminho.
Tinha tudo a ver com a codificação. Eu estava usando UTF-8
com a BOM (marca de pedido de byte) . O BOM estava causando um estrangulamento. Depois que eu o removi, funcionou perfeitamente.
Eu atualizei a codificação usando o Notepad ++ por:
Encoding -> Encode in UTF-8 without BOM
O comando which bash
foi enviado:
/usr/bin/bash
No entanto, ainda conseguiu resolver
#!/bin/bash