Eu sistemas de arquivos tão grandes, backup baseado em arquivo não é eficiente, esp se esse sistema de arquivos está ativo e as alterações são feitas com freqüência, como durante o tempo leva backup dos dados, mudou muitas vezes, por isso vai ser difícil para você determinar qual arquivo copiado quando.
Você pode querer considerar um backup em tempo real, como usar um sistema de arquivos distribuído ou um bloco distribuído.
Eu pessoalmente uso o drbd , e eu configurei o lvm em cima dele e use snapshots.
Você também pode configurar um armazenamento com base no ZFS (gostei da Nexenta), o ZFS tem ótimos recursos de instantâneos e há poucas opções para configurar uma replicação ao vivo, se pensarmos que um deles chamava de brilho, nunca tentamos isso.