A exibição parece diferente para arquivos com timestamps diferentes daqueles que realmente mudaram
Citado na lista de discussão debian
The current behaviour of meld is such that, a small red dot is used in the right hand bottom corner of the icon for a file with newer timestamp even if the files being compared are identical. If the files are different, then both files are shown as red with a thick red dot in the newer-timestamp file.
Eu uso o Meld e acho que é o melhor programa de diferenças gráficas.
Talvez o Kompare faça o que você quer.