Você tem uma média de carga de 2 a 3. Isso é muito para o que você acha que é um sistema ocioso. Tente verificar se você tem alguns processos que estão permanentemente (ou quase) em um estado diferente de S (suspensão):
ps auxwww | grep -v S
Veja também a saída do vmstat ("vmstat 2", por exemplo).
Com carga alta, você tem um ou mais processos em execução que usam CPU, que deve aparecer se você classificar a saída de "superior" (a classificação padrão geralmente é a desejada) é tomado por processos de curta duração. Esses são mais difíceis de encontrar.
Tente eliminar os serviços e veja quando / se o uso da CPU cair. Comece com o desligamento do X e com o console, depois encerre o serviço após o serviço com comandos como /etc/init.d/cron stop.
Esse gconfd na sua captura de tela se sobressai um pouco.