Basta executar o seguinte comando no seu terminal:
echo "cd ~/Desktop/Java\ Files" >> ~/.bashrc
O comando acima adicionará uma nova linha no seu arquivo ~/.bashrc
que contém cd ~/Desktop/Java\ Files
e que alterará seu diretório de trabalho padrão para /home/Varun/Desktop/Java Files
quando você abrir o terminal.
Reabra o terminal e você verá a diferença.