Que tal posicionar seu menu na parte superior e o X11 encaminhar um na parte inferior com ocultamento automático?
Editar 1:
De uma lista de discussão :
From gconftool --help-all:
Load/Save options:
--dump Dump to standard output an XML description of all entries
under a directory, recursively.
--load Load from the specified file an XML description of values
and set them relative to a directory.
So "gconftool --dump /apps/panel > my-panel-settings.xml" and later
"gconfool --load < my-panel-settings.xml" should make it.
Or look into Sabayon, maybe.
Experimente uma dessas ferramentas, ele deve permitir que você use o painel sobre o X11 com uma configuração diferente da configuração atual no próprio computador remoto, boa sorte! : -)
Editar 2: Que tal apenas criar atalhos que executam a linha de comando ssh?