Exchange 2000 e 2003 precisa do WINS em organizações maiores com várias sub-redes. O Exchange 2007 não.
O WINS é usado principalmente para usar nomes NetBIOS entre sub-redes. Se você não tiver várias sub-redes, não precisará do WINS, pois seus controladores de domínio gerenciarão os nomes adequadamente.
A maioria das organizações que executam redes do Windows Server 2003 ou 2008 não precisam do WINS, exceto aplicativos herdados (como você perguntou). Você deve verificar com cada fornecedor de software para garantir que o aplicativo funcionará sem WINS.
A prática recomendada da Microsoft é se afastar do WINS e do NetBIOS por completo. É possível, em alguns casos, resolver problemas de nomenclatura definindo o sufixo DNS padrão nas máquinas clientes (prática recomendada: definida por meio do DHCP), que acrescenta o sufixo dns a qualquer consulta de nome único.
Além disso, se você estiver usando compartilhamentos ou acessando dispositivos pelo nome NetBIOS e estiver desabilitando o NetBIOS de sua rede, precisará acessar dispositivos e compartilhamentos usando o FQDN. Por exemplo, \ server1 \ share \ file.txt seria acessado por \ server1.example.com \ share \ file.txt. Você precisará atualizar atalhos e links para refletir essas alterações.
É claro que você precisará testar e comunicar essas alterações para os usuários finais.