Acessar a partição NTFS (Windows) do Linux é rápido. Você não pode ver a diferença entre acessar a partição NTFS ou ext (linux). Eu acho que a opção VM é boa se você tiver RAM suficiente disponível (1GB livre enquanto estiver usando o Windows para alocar 1GB para o Ubuntu VM). O Ubuntu não corre mal com 512MB também. Se você não tiver RAM suficiente, precisará da opção de inicialização dupla, mas isso não é tão flexível. Seu ubuntu ainda usará a partição NTFS sem problemas (com instalação normal ou wubi), mas você terá que escolher na inicialização e reinicializar para alterar ... Indo desta maneira, eu instalaria um Ubuntu regular, não wubi, mas isso é apenas porque eu acho melhor ter uma instalação padrão para que você encontre mais ajuda da comunidade, como, etc ... principalmente com uma máquina de boot duplo.
De qualquer forma, o bom ponto da VM é que você pode tentar sem qualquer risco. Se for muito lento, você pode excluí-lo e ir para o sistema de inicialização dupla. Esse é um dos pontos positivos da VM.
E ... você pode fazer as duas opções ... :) então se no windows e precisar de uma rápida olhada no linux você inicia a VM e se você planeja todo o dia no linux, inicialize no linux