Eu não acho que a compatibilidade com USB no futuro seja uma grande preocupação para você. Na pior das hipóteses, se a compatibilidade com versões anteriores do USB for interrompida em algum momento, você verá que há tempo suficiente para reagir. Tenho certeza de que será capaz de mover seus dados para um novo drive USB de 4 TB que, por sua vez, será vendido por menos de 20 dólares.
A parte que não posso responder é quão confiáveis são aquelas unidades USB para armazenamento a longo prazo? Houve algum estudo sobre isso? Outra preocupação que tenho com os pen drives é, por exemplo, se o controlador USB quebrar, então você não poderá acessar nem 1 bit dos seus dados. Pelo menos com DVDs você quase sempre pode recuperar pelo menos partes dele.