Essa corrupção pode acontecer se você desconectar sua unidade antes que todos os dados tenham sido gravados. O TrueCrypt atua como intermediário, criptografando / descriptografando dados na hora em que são lidos / gravados. Isso não afeta o modo como seu sistema operacional ou programas gravam no disco.
Assim, se algum programa gravar () muitos dados sem flush () ing, e você desconectar o disco rígido externo, alguns dados podem não estar totalmente gravados naquele momento. Mas não tem nada a ver com TrueCrypt.
Se o windows, ou o programa que você está usando, não tratar mídias removíveis de alguma forma especial, então não há nenhuma diferença em como você monta essa unidade (além dessas pastas irritantes).